Thiếu kỹ năng sút phạt
Messi là một tiền đạo xuất sắc, là một nhà kiến tạo cừ khôi, nhưng không phải là một chuyên gia đá phạt. Dù thi thoảng tiền đạo người Argentina vẫn có thể ghi được những bàn thắng từ điểm đá phạt trực tiếp, nhưng nhìn chung, đây không phải là kỹ năng mà Messi được đánh giá cao. Ở Barca chuyên gia đá phạt thực thụ là Xavi, Iniesta hay Alves. Chỉ khi thiếu vắng những chuyên gia trên, Messi mới được trao cơ hội. Và phần lớn những quả đá do Messi thực hiện là ở khoảng cách 18-20m so với khung thành. Còn ở ĐT Argentina, Messi cũng ít khi ghi được bàn thắng từ các quả đá phạt, mà thường anh chỉ treo bóng vào trong để các đồng đội khác dứt điểm.
Messi không được đánh giá cao ở kỹ năng không chiến
Thiếu tố chất của một thủ lĩnh
Messi là một cầu thủ xuất chúng, là một người có khả năng xoay chuyển cục diện trận đấu chỉ bằng những khoảnh khắc lóe sáng xuất thần mang tính cá nhân. Tuy nhiên mọi người chưa bao giờ nhìn nhận Messi với tư cách là một thủ lĩnh đích thực. Ở Barca, người ta ít khi đề cập đến vấn đề này bởi họ đã có Puyol, Xavi hay Abidal là những cầu thủ mang tố chất lãnh đạo thực thụ. Chỉ khi Messi trở về ĐT Argentina, người ta mới thấy rõ Messi yếu ở khả năng này như thế nào. Hiện giờ Messi đã chính thức được trao chiếc băng đội trưởng ĐT Argentina, thay thế cho Javier Mascherano. Nhưng rõ ràng anh chưa hoàn thành tốt nhiệm vụ và sự kỳ vọng của NHM. Bản thân Messi khi khoác áo Albiceleste cũng luôn thi đấu dưới sức mình và chưa chứng minh được vai trò đầu tàu để làm điểm tựa cho cả đội tuyển. Nếu muốn trở thành huyền thoại vĩ đại, Messi rất cần cải thiện tố chất thủ lĩnh này trong tương lai.
Đánh đầu kém
Bàn thắng bằng đầu đáng nhớ nhất và cũng là một trong những bàn thắng hiếm hoi anh ghi được khi không chiến là bàn thắng trong trận chung kết cúp C1 năm 2009 với MU. Ngoài ra NHM không mấy ấn tượng với khả năng ghi bàn bằng đầu của cầu thủ đương kim số 1 thế giới. Messi là ảo thuật gia với trái bóng, sở hữu kỹ năng rê dắt đột phá thượng thừa, dứt điểm khéo léo và mang bản năng của một sát thủ, nhưng đánh đầu lại được xem là điểm yếu nhất trong các kỹ năng của anh. Tuy nhiên có lẽ điều đó cũng chẳng quá quan trọng khi mà Messi đang được chơi cho Barca, CLB phù hợp nhất với những tố chất, những điểm mạnh và có thể che lấp đi những khiếm khuyết của Messi. Lối chơi tiqui-taca dựa nhiều vào những đường chuyền sệt, ngắn, bật tường, di chuyển tạo khoảng trống, chọc khe, không mấy khi tạt cánh đánh đầu hay chuyền bổng vào trong cấm địa rõ ràng là một lối chơi quá phù hợp để Messi phát huy tốt nhất những thế mạnh của mình.
Messi thường chơi dưới sức mình mỗi khi khoác áo Argentina
Sút xa kém, và chỉ đá được “1 kèo”
Messi là thiên tài với cái chân trái ma thuật, nhưng chỉ là một cầu thủ “vô hại” khi đối phương buộc anh phải xử lý bằng chân phải. Messi có thể là mọi thứ với cái chân trái nhưng chân phải của anh gần như “vô dụng”. Đó là lý do vì sao Messi chơi rất xuất sắc bùng nổ ở vị trí tiền đạo cánh phải trong sơ đồ 4-3-3, trước khi vươn tới đỉnh cao khi được bố trí chơi ở giữa với vai trò của một “số 9 ảo” như hiện tại. Tuy nhiên ngoài 2 vị trí đó ra, Messi không thể chơi được, hoặc chơi dưới sức mình khi được sắp xếp đá ở những vị trí khác trên hàng tấn công. Ở ĐT Argentina, trải qua bao đời HLV nhưng họ vẫn chưa thể tìm ra vị trí thi đấu hiệu quả nhất cho Messi để tận dụng cái chân trái siêu đẳng của anh. Các HLV tại ĐT Argentina thường bố trí Messi chơi với vai trò hộ công, đá sau 1 hoặc 2 tiền đạo, thậm chí còn xếp anh đá như một tiền vệ công. Những sơ đồ này đã không thể mang lại hiệu quả khi mà Messi không thể phát huy tối đa những thế mạnh trong lối chơi của mình.
Ngoài ra khả năng sút xa của Messi cũng bị hạn chế. Ít khi người ta thấy Messi tung ra những cú sút búa bổ từ cự ly 25-30m tung lưới đối phương. Phong cách ghi bàn thường thấy của Messi là những pha rê dắt bóng đến tận khung thành rồi ghi bàn, hoặc là những pha làm bàn tinh tế trong vòng cấm địa, cự ly “xa” lắm cũng chỉ là những quả sút ngay rìa ngoài vòng cấm. Tuy nhiên có lẽ cũng chẳng mấy ai quan tâm tới điều này khi mà lượng bàn thắng Messi ghi được vẫn cứ tăng đều theo thời gian và độ đẹp mắt mãn nhãn của những bàn thắng là điều chẳng bao giờ phải bàn cãi.